La Chapelle-Panthéon fut projetée comme une cathédrale à petite échelle dotée d’une abside qui fait fonction de mausolée familial mais aussi de temple où célébrer les offices. Sa construction est antérieure au Palais. Le projet a été réalisé en juillet 1878 et l’édifice fut consacré le 28 août 1881, lors de la visite d’Alphonse XII et de la reine Marie Cristina à Comillas.

Le mausolée, situé dans l’abside, abrite les monuments funéraires de la famille. Le Panthéon dédié à la mémoire de son frère D. Claudio Lopez y Lopez et son épouse Benita Díaz de Quijano exhibe les statues de la « Supplication » et la « Résignation » de Jose Llimona. Le Panthéon de D. Claudio Lopez Bru, IIe Marquis de Comillas exhibe l’exceptionnel Christ gisant du sculpteur Agapito Vallmitjana et le panthéon d’Antonio Lopez Lopez, Ier Marquis de Comillas, et son épouse Marie Luisa Bru Lassus, montre un relief de Venancio Vallmitjana, dessiné par Joan Martorell.

Parmi l’ornementation intérieure se trouve l’autel, réalisé dans les ateliers de Francisco Paula Isaura y Fragas. Le jeu lumineux produit par les vitraux polychromes d’Eudald Raymond Amigó ressort sur les murs latéraux  de la chapelle. Les setiales d’honneur, les prie-Dieu ainsi que les bancs ont été dessinés par Antonio Gaudí.