La Capilla-Panteón fue concebida como una catedral a pequeña escala, dotada de girola. Cumple la función de mausoleo familiar pero también de templo donde celebrar oficios en su interior. Su construcción es anterior al Palacio. El proyecto se realizó en julio de 1878 y el edificio fue consagrado el 28 de agosto de 1881, durante la visita de Alfonso XII y la reina María Cristina a la villa de Comillas.

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El mausoleo, situado en la girola, alberga los monumentos funerarios de la familia. El panteón dedicado a la memoria de su hermano D. Claudio López y López y su esposa Benita Díaz de Quijano muestras las estatuas de la “Plegaria” y la “Resignación” de José Llimona. El panteón de D. Caludio López Bru, II Marqués de Comillas muestra el excepcional Cristo yacente del escultor Agapito Vallmitjana y el panteón de Antonio López López, I Marqués de Comillas, y su esposa María Luisa Bru Lassus muestra un relieve de Venancio Vallmitjana, diseñado por Joan Martorell.

Entre la ornamentación interior destaca el altar, realizado en los talleres de Francisco Paula Isaura y Fragas. El juego lumínico proporcionado por las vidrieras polícromas de Eudald Ramon Amigó que resaltan sobre los robustos muros laterales de la capilla. Los sitiales, los reclinatorios y los bancos fueron diseñados por Antonio Gaudi.